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超計(jì)算疫?。核a物選別、遺伝子検査の背後にある力

2020/3/6 15:52:00 0

戦疫、薬物、遺伝子、序文、背後、力

舊暦の30年から、國家級(jí)スーパーコンピューターセンターと企業(yè)級(jí)スーパーコンピュータープラットフォームは相次いで醫(yī)療診療の大軍に參加して、ソフトウェアと計(jì)算力の支持を提供する方式で薬物ふるい分け、ゲノム検査分析などの過程に參加します。これは、過去に月または年を計(jì)算する必要がありますが、検査時(shí)間が數(shù)日間に短縮され、いくつかの古い薬が検証され、臨床治療に迅速に入ることができます。

「2月までに、深センセンターはすでに1000萬機(jī)を手配しています。このデータはまだ成長しています?!?1世紀(jì)の経済報(bào)道記者のインタビューを受けた時(shí)、國家スーパーコンピューター深センセンターの馮聖中主任はこう紹介しました。

隣接する湖南省內(nèi)では、國家スーパーコンピューティングの長沙センターも、「春節(jié)期間中に非緊急性のある任務(wù)を再調(diào)整し、分割し、殘業(yè)を加えて弾力性のある資源管理クラウドプラットフォームを構(gòu)築し、新たなビッグデータサーバーの一部を緊急に導(dǎo)入した」と述べました。長沙センターの彭紹亮副主任は記者に語った。

臨床治療の背後にある計(jì)算力競走。

もともとは休日モードに入っていた國家スーパーコンピューターシンセンセンターは、大みそかに電話で靜かさを崩しました。

午後一時(shí)過ぎ、センターの主任の馮聖中さんは中山大學(xué)の薬科教授から電話をもらいました。教授は以前、多くの機(jī)関に相談しました。

「科學(xué)技術(shù)者が千日兵を養(yǎng)うのは、今が貢獻(xiàn)をする時(shí)です?!贡摔嫌浾撙藢潳筏?、當(dāng)時(shí)同僚が切符を買って湖北省の実家に帰るつもりだったと言いました。

この日の午後まもなく、深センセンターは400のノード資源を調(diào)整し、上記の教授チームに無料で提供し、薬物選別の仕事に使われました。

二日目の元旦です。短い時(shí)間で後続の資源の計(jì)算が早くできないかもしれないと考えて、深センセンターは他のスーパーマーケットに共同要求を出しました。「誰がいくつかの資源を手配できますか?まずソフトウェア最適化の仕事をします。必要があれば、すぐに計(jì)算任務(wù)を提出します。コミュニケーションの後、いくつかの家が無料で応援してくれました。

もちろんこれも國內(nèi)のいくつかの國家級(jí)スーパーコンピューティングセンターがそれぞれ力を入れている応用分野に基づいていますが、関連ソフトのサポートがない場合があります。移植計(jì)算の任務(wù)が受け入れにくく、処理が中斷されます。

馮聖中氏によると、スーパー計(jì)算センターはこの時(shí)間の仕事の核心は二つの部分が含まれています。第一は技術(shù)的で、つまり原始的な計(jì)算データを把握した上で、対応ソフト環(huán)境を最適化して、データを「走る」ようにする必要があります。これは技術(shù)者による調(diào)整が完了します。そんなに緊急ではないアプリケーションを調(diào)整して後回しにする必要があります。春節(jié)から現(xiàn)在まで、深センセンターのエンジニアは二十人近くが交替でこれらの仕事をサポートしています。

深センセンターはこれまで、薬剤選別やゲノム學(xué)などの計(jì)算需要をサポートするために、數(shù)千萬機(jī)の資源を優(yōu)先的に手配してきました。これは例年に比べて最大の変化です。馮聖中氏は記者に対して、従來、深センセンターの計(jì)算力需要上位3位のシーンはそれぞれ新材料、生命科學(xué)、量子化學(xué)研究などであり、その中で新材料に必要な計(jì)算力は中心資源の30%を占めている。

「この千萬機(jī)は、他の緊迫していない計(jì)算任務(wù)から絞り出されています。主に古い薬の新しい薬剤の選別に使われています?!贡摔悉丹椁?、原理から言えば、醫(yī)薬専門家は新冠ウイルスのタンパク質(zhì)分子構(gòu)造を標(biāo)的として提示しています。古い薬は薬の分子庫の中に先にリストされています。ソフトウェアのアルゴリズムを呼び出して、相応の計(jì)算をすれば、関連する適用可能な薬が見つけられます。

「完全に頭から薬の試薬を始めると、一般的に緊急の臨床需要ではなく、小さな分子から次々とスクリーニングされ、実験室の具體的な検証と合わせて徐々に候補(bǔ)範(fàn)囲が縮小され、結(jié)果が見つかるまでの長いプロセスです」馮聖中氏は、時(shí)には10億ドルを費(fèi)やし、10年間研究開発したかもしれませんが、必ずしも適切な新薬が開発されるとは限らず、薬には一定のリスクがあるかもしれません。

これらの急速に集められた資源の背後には、いくつかの計(jì)算された検証が通った古い薬が臨床治療に使われ始め、いくつかはすでに道路を歩いている。

馮聖中さんは最近ニュースを得ました。前述の深圳中心計(jì)算力支援の中山大學(xué)薬學(xué)院が湖北省の數(shù)十病院の臨床使用に成果を上げました。

800キロ以上離れた湖南省の長沙でも最近、いいニュースがありました。生命科學(xué)はずっと國家の超計(jì)算の長沙センターの長期の関心を持つ重點(diǎn)の領(lǐng)域で、中心の副主任の彭紹亮は主宰してそして3大システムを研究開発したことに參與して、その中の一つは臨床治療に関連します。

インタビューの過程で、彼は記者に「超計(jì)算に基づく人工知能病原検査と抗ウイルス薬の再配置のビッグデータプラットフォーム」と紹介しました。その中で、最大規(guī)模の異質(zhì)なバイオ醫(yī)薬ネットワークを構(gòu)築し、人工知能病原微生物検査と薬物設(shè)計(jì)方法を提出しました。

長沙センターは現(xiàn)在、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院の毒物薬物研究所と軍事醫(yī)學(xué)研究院の國家緊急予防?制御薬工程技術(shù)研究センターを支援しています。レミディヴィ、キノキノ、リトナベなど三つの古い薬が細(xì)胞レベルで新冠ウイルスに対して抑制作用があることを発見しました。彭紹亮はこのように表しています。

構(gòu)造化の難しい問題を克服する

彭紹亮は21世紀(jì)の経済報(bào)道記者に対し、他の応用より、新型インフルエンザと抗疫データは規(guī)模が大きい、更新が早い、異性などの特徴があり、データの計(jì)算分析とリアルタイム性処理に対してもっと高い要求を提出しました。

このため、國家スーパーコンピューティング長沙センターは超計(jì)算資源のスケジューリングクラウドプラットフォームを構(gòu)築し、毎日の計(jì)算負(fù)荷とデータ転送オーバーヘッドに応じて、動(dòng)的スケジュールが合理的に計(jì)算、記憶、通信資源を手配し、病気に対する耐性を重點(diǎn)的に保障する。

もう一つの難題は、もともと醫(yī)療機(jī)関で使われていたのは小規(guī)模な計(jì)算で、超計(jì)算センターの大規(guī)模なプラットフォームに転換し、安定的に「ランニングデータ」を維持するには技術(shù)的な最適化が必要だったが、センターが一般的に提供しているのは公共計(jì)算資源であり、特定の需要に対して計(jì)算機(jī)のプログラムを修正することはなかった。

この時(shí)期の疫病に対する科學(xué)技術(shù)の難関は通常と違っています。私たちはまずそれに応じて改善して保障を支持し、その後徐々に回復(fù)することができると考えています。馮聖中氏によると、これはもともと超計(jì)算センターの技術(shù)者にとっては通常の仕事であり、特定の需要に対してだけで、短期間でこれらの難題を根本的に解決するのが難しい場合があり、一時(shí)的に計(jì)算をサポートする方法を選択するという。

一ヶ月以上の間、各地のスーパーマーケットセンターは多く管理しており、力の點(diǎn)は早く臨床醫(yī)療に限らない。

彭紹亮は記者に、今年から現(xiàn)在まで、長沙センターは省內(nèi)の防疫狀況に対して、一連の協(xié)力研究開発を展開しています。湖南省通信管理局と連攜してシグナリングデータに基づく疫病狀況分析警報(bào)プラットフォームを構(gòu)築し、湘雅系病院、鵬城実験室などの単位と「GeoAI:人工知能抗冠早期警報(bào)可視化システム」を開発し、それぞれ複數(shù)の生物醫(yī)薬機(jī)構(gòu)と共同で新冠病毒計(jì)算測定試薬箱または他の家庭簡易自動(dòng)検査技術(shù)などを開発する。

次は、國家スーパーコンピューティングの長沙センターが引き続き力を集中して、力を入れて関を攻撃し、疫病予防技術(shù)の研究開発と成果応用を強(qiáng)化します。彼は言った。

馮聖中さんは記者に紹介しました。上述の応用のほかに、労働爭潮の開始に伴って、深センセンターは疫病狀況分析ふるい調(diào)査、鵬城実験室と南方科學(xué)技術(shù)大學(xué)などの機(jī)関と連攜して疫病狀況の発展傾向を研究しています?!袱饯沃肖怯?jì)算力の要求が一番大きいのは薬物選別で、その次にゲノム學(xué)の分析で、分析と研究の仕事は今のところ計(jì)算力の需要に対してあまり大きくないです。」

公共事件の超演算子

馮聖中氏は21世紀(jì)の経済報(bào)道記者に対し、「抗疫の過程で、國家レベルの単位以外で、企業(yè)がいくつかの原因に基づいて資源を取り出して參入したいとは限らないことを見ました。だから、大型の高レベルの國家級(jí)スーパーマーケットセンターを建設(shè)する必要があります。これは科學(xué)研究のインフラで、疫病のような中で公立病院が発揮する役割です?!?/p>

また、感染癥のデータセンターなど、特定のテーマに関するビッグデータセンターの建設(shè)を提案しています。AIとビッグデータは多くの役割を果たしますが、まだ足りないです。問題を早く発見し、対策を講じて予防?制御を徹底できるかどうかなど」彼は、防疫の早期の封城封路措置に一部の切っ掛けがありますが、ビッグデータなどの措置を利用して、等級(jí)別の區(qū)分を制御できます。ビッグデータに基づいて、関連する人々の行動(dòng)の軌跡を完全に把握していない場合、総合的に関連情報(bào)を得ることができます。ですから、超計(jì)算センターに頼って、特定のテーマの大データセンターを作る必要があります。

疫病はまた多くの學(xué)科の交差技術(shù)の人材を掌握する重要性を現(xiàn)れています。超計(jì)算の分野に置いても、計(jì)算ができるだけでは足りないです。専門分野に対して認(rèn)知と理解が必要です。例えば、疫病予防とコントロールは疾病コントロール、醫(yī)薬、臨床などの各方面に関連しています。これは體制體制機(jī)構(gòu)が各種の総合能力人材を勵(lì)まし、育成する必要があります。

彭紹亮はまた,大データ解析応用とスーパー計(jì)算応用の重要性を強(qiáng)調(diào)した。新型の冠狀ウイルス肺炎の発生以來、大データは疫病狀況の研究、伝播経路の分析、正確な予防とコントロール及び後続の治理において重要な役割を果たしています。また、生命科學(xué)、材料、エネルギーなどの応用分野の深化と拡大に伴い、より大規(guī)模な計(jì)算と記憶資源の支持とスーパーコンピューターシステムの更新が必要となり、わが國の國際スーパーコンピューティング分野での優(yōu)位性を持続的に維持することを意味する。

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